AMBER生物分子动力模拟工作站配置推荐
Amber是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序，AMBER 支持 GPU 加速，可运行显式溶剂 PME 和隐式溶剂 GB 模拟。AMBER 在NVIDIA GPU 上的运行速度比仅使用 CPU 的系统快 15 倍，从而使用户运行生物分子模拟的时间从几天缩短到几小时.
（一）Amber分子动力学模拟软件计算特点
Amber分子动力学模拟软件由AmberTools19和Amber18组成，其中：
AmberTools 19（开源的）是由几个独立开发的软件包组成，这些软件包可以单独使用，也可以与Amber18一起使用。该套件还可以用于使用显式水模型或广义Born溶剂模型进行完整的分子动力学模拟，包含：
• Sander：用于分子动力学模拟的主力程序，包括组合的量子力学/分子力学（QM / MM）功能，不支持GPU加速
• tleap and parmed：用于Amber模拟的基本准备工具
• NAB / sff：一种语言环境，用于编写专门处理分子结构的程序。基于分子力场计算和距离几何的建模
• antechamber和MCPB：创建用于一般有机分子和金属中心的力场的程序
• sqm：半经验和DFTB量子化学程序
• pbsa：执行Poisson-Boltzmann模型的数值解(支持GPU 加速)
• 3D-RISM：求解积分方程模型以进行溶剂化
• mdgx：一个主要通过参数拟合来突破Amber MD界限的程序。还包括可自定义的虚拟站点和显式的溶剂MD功能。
• cpptraj和pytraj：分析轨迹结构和动力学的工具
• MMPBSA.py和Amberlite：基于能量的MD轨迹分析
Amber18（商业版）软件包通过添加PMEMD程序在AmberTools18上构建，支持GPU加速，该程序类似于AmberTools中的sander（分子动力学）代码，但在多个CPU上提供了更好的性能，并在GPU上显着提高了速度。
关于GPU计算卡
支持显卡型号
游戏卡类：Titan RTX、RTX 2080Ti、RTX2080S、RTX2070S、RTX2060S
专业卡类：Titan V、Tesla V100、Quadro GV100
GPU卡求解规模
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GPU型号 |
显存 |
最大原子数 |
|
Tesla V100 |
32GB |
1120万 |
|
Titan RTX |
24GB |
700万 |
|
Quadro GV100 |
16GB |
560万 |
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Tittan V |
12GB |
352万 |
|
RTX2080Ti |
11GB |
330万 |
|
RTX2080S、RTX2070S |
8GB |
280万 |
Amber GPU加速测试
（二）Amber分子动力模拟计算硬件配置推荐
|
NO |
品牌与型号 |
配置规格 |
价格 |
备注 |
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1 |
H380 15164-SATCX |
8核@5.1GHz / 64GB DDR4 /RTX2080Ti 11GB/960GB SSD系统盘 +4TB SATA企业级/塔式(750w)/23寸-高清图显 |
39900 |
超值型 |
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2 |
AX400 146128-SATCT |
10核@4.6GHz / 128GB DDR4 /Titan RTX 24 /960GB SSD系统盘 +4TB SATA企业级/塔式(750w)/23寸-高清图显 |
68500 |
高性价比 |
|
3 |
AX400 143128-SBTD2T |
16核@4.3GHz / 128GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系统盘 +6TB SATA企业级/塔式(2000w)/23寸-高清图显 |
105000 |
极致型 |
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4 |
GX630M 226192-SBTD2T |
2颗Xeon 金5218处理器（32核@2.6GHz ）/ 192GB DDR4 /2*Titan RTX 24+NV-Link /1.9TB SSD系统盘 +6TB SATA企业级/双塔式(2000w)/23寸-高清图显 |
119900 |
极致全能 |
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5 |
GX630M 226192-SCTE4X |
2颗Xeon 金5218处理器（32核@2.6GHz ）/ 192GB DDR4 /4*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系统盘 +8TB SATA企业级/双塔式(2000w)/23寸-高清图显 |
123000 |
多用途 |
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6 |
GX630M 226384-SCTE8X |
2颗Xeon 金5218处理器（32核@2.6GHz ）/ 384GB DDR4 /8*RTX2080Ti 11 /3.84TB SSD系统盘 +8TB SATA企业级/双塔式(2000w)/23寸-高清图显 |
175000 |
极致多用途 |
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